Klinikinės psichoanalizės programą sudaro:

1. Teorijos studijos,

2. Mokomoji psichoanalizė (per asmeninį patyrimą su mokančiuoju analitiku),

3. Prižiūrimoji analizė.

Teorijos studijos vyksta lygiagrečiai kursais:

1. Bendrosios teorijos kurse dėstoma S.Freud psichoanalizės teorijos pamatinės koncepcijos, pagrindinės psichoanalizės teorijos kryptys (varų, objektinių ryšių, santykio, mentalizacijos, neuropsichoanalizė), nagrinėjami atskirų terapinių mokyklų bendrumai ir skirtumai, supažindinama su moksliniais  tyrimais psichoanalizėje, pristatomas interdisciplininis santykis su gamtos ir socialiniais mokslais.

2. Technikos teorija ir praktinis technikos kursas, kuris apima atskirų analizės atvejų studijas. Supažindinama su S.Freud klinikiniais atvejais ir jų šiuolaikine interpretacija. Pristatomos pagrindinės sąvokos, psichoanalizės procesas, psichoanalitinio klausymosi ypatumai. Technikos seminarų pagalba įsisavinami pirminio interviu principai, psichoanalitinio proceso veiksniai, įrankiai, trikdžiai, sąmoninga-pasąmoninga komunikacija, perkėlimo-kontrperkėlimo atpažinimas. Mokomasi analitinio proceso pateikimo (mikro-makro procesų konceptualizavimas), užrašymo.

3. Klinikinės teorijos kurse dėstoma raidos proceso teorija, psichoseksualinė ir ryšių su objektais raidos teorijos. Pristatomi asmenybės sutrikimai, atskirų psichikos sutrikimų psichodinamika, bei diferencinė diagnostika, dėstomos sapnų teorijos nuo S.Freud iki šiuolaikinio požiūrio į sapnus neuropsichoanalizėje.

4. Kurse „Didieji meistrai ir mokyklos“ pristatomi  žymiausi psichoanalizės teoretikai, sukūrę  atskiras kryptis nuo XX a. pradžios (K. Abraham, S. Frenzci, O. Rank , G.W. Groddeck) iki XX a. antros pusės (J. Lacan, H. Segal, M. Mahler , J. McDougal) ir šiuolaikiniai psichoanalizės vardai (Ch. Bollas, A. Green, J. Steiner, R.Stolorow ).

Klinikinės psichoanalizės studijų programa skirta psichoterapeutų kvalifikacijos kėlimui ir profesiniam mokymui. Programoje siekiama paruošti specialistus, gebančius įvertinti paciento ar kliento funkcionavimo lygmenį, individualiai pažvelgti į kliento problemas, sukurti terapinį santykį, gebėti pasirinkti ir tinkamai naudoti įvairias intervencijas, bei interpretacijų formas, dirbti su pasipriešinimu, numatyti ir įveikti galimus sunkumus, skatinti paciento ar kliento įžvalgas, bei brandų savarankiškumą.
Klinikinės psichoanalizės studijos itin svarbios specialistams, mokantiems psichoterapijos, konsultuojantiems, bei supervizuojantiems kolegas, dirbančius psichikos sveikatos paslaugų sektoriuje. Psichoanalizės metodo įsisavinimas teikia galimybę dirbti su pacientais, kurių psichikos sutrikimai buvo laikomi negydytinais psichoterapija.

Bazinius psichoterapinius įgūdžius turintys klinikiniai psichologai, gydytojai psichiatrai. Asmens profesinė veikla turi būti susijusi su sveikatos priežiūra, klinikinio darbo patyrimu. Reikalingas anglų kalbos mokėjimas, nes pagrindinė mokymosi literatūra yra anglų kalba.
Stojantysis į programą turi pateikti prašymą, motyvacinį laišką ir gyvenimo aprašymą, bei gydomosios medicinos arba psichologijos nuosekliųjų studijų baigimo diplomo kopijas (magistro laipsnis arba vientisosios studijos, prilyginamos magistro laipsniui).
Stojantysis dalyvauja 3 atrankiniuose pokalbiuose su draugijos paskirtais psichoanalizės mokytojais ir turi gauti teigiamą įvertinimą dėl tinkamumo studijuoti programoje.

Mokymą sudaro 3 dalys:
1. Teorinė dalis (paskaitų, seminarų, diskusijų forma),
2. Mokomoji psichoanalizė (asmeninė psichoanalizė su Tarptautinės Psichoanalizės akredituotu psichoanalitiku, kurioje vyksta asmenybės giluminių procesų pažinimas per savo patyrimą),
3. Prižiūrimoji analizė (praktinis darbas su patyrusio analitiko - supervizoriaus priežiūra).

Teorinės žinios aptariamos kiekvieno pusmečio pabaigoje.
Praktinį psichoanalizės darbą su 2 pacientais (trunkantį po 2 metus su kiekvienu),vertina 2 mokytojai - supervizoriai. Vertinimas pateikiamas mokymo komitetui.
Baigus teorijos kursą ir gavus teigiamą supervizorių vertinimą, studentui suteikiamas leidimas rašyti baigiamąjį rašto darbą (psichoanalizės taikymas atskiram pacientui). Baigiamasis darbas rašomas 5-taisiais studijų metais. Baigiamasis darbas pristatomas pranešimo forma Vilniaus psichoanalitikų draugijos bendrame susirinkime. Baigiamąjį darbą iki pristatymo skaito draugijos skirtas recenzentas ir pateikia darbo vertinimą.
Gynimo metu studentas atsako į recenzijoje ir draugijos narių, dalyvaujančių gynime, iškilusius klausimus. Tuomet vyksta uždaras balsavimas (balsuoti gali tik psichoanalitiko statusą turintys draugijos nariai, balsavimas gali vykti, tik esant kvorumui). Surinkus daugiau nei pusę teigiamų balsų, darbas vertinamas teigiamai.

Baigęs programą asmuo įgyja kompetencijas taikyti psichoanalizės metodą, tampa Vilniaus Psichoanalitikų draugijos (VPsaD) tarptautinės Psichoanalizės asociacijos (IPA) ir Europos Psichoanalizės federacijos (EPF) nariu. Savo profesinius įgūdžius tobulina dalyvaudamas nuolatinėse kasmetinėse konferencijose, bei tarptautiniuose psichoanalitikų seminaruose, bendruose moksliniuose projektuose.